He encontrado esta página
http://www.antesde.org/index.php/Antes_de_habilitar_tablas_INNODB_en_MySql donde dice:
Cita: La primera es modificando el archivo: my.ini
Este archivo se suele encontrar en AppServ/MySQL
localiza el archivo y busca en el: skip_innodb, le debes agregar al principio el signo "#".
La otra posibilidad es habilitar las innoDB desde el phpMyAdmin
Primero accedes a tu panel de control
Si el servidor es tu propio pc, accede a: http://localhost/phpMyAdmin/
si el servidor es remoto debes sustituir localhost por la IP o dominio asociado al servidor.
Una vez hayas accedido con tu usario y clave, debes ir a la opción Motores, o Motores de almacenamiento. Aquí hay una opción que indica:
InnoDB Supports transactions, row-level locking, and foreign keys.
He puesto la almohadilla, he reiniciado y ya me la ha habilitado.