Yo personalmente utilizo jQuery por ser una muy pequeña libreria de 19kb, es casi como poner un .gif en el sitio. Es bastante potente al facilitarme trabajar con AJAX, acceder a cada parte del documento y modificar facilmente css, HTML y clases ademas existe una gran cantidad de plugins que me permiten hacer muy rapido y muy simple cosas como drag&drop, grillas de datos, tabs, treeViews, menus, etc.
Antes de jQuery apredi a usar prototype, pero termine por usar jQuery por ser mas liviano y simple. Actualmente quiero echarle una mirada a Dojo por lo potentes que se ven las aplicaciones creadas en el, espero que no sea muy pesado y lento para el usuario ni para mi aprenderlo.
Comprendo a los que no quieren aprender un framework por tener que aprender mas formas de sintaxis para lo que ya hacen (aunque con mucho mas trabajo y tiempo), ademas se que es desagradable (y por algo nacio este thread) elegir un framework y despues darse cuenta de que otro es mejor, o simplemente no saber cual es mejor y tratar de aprenderlos todos, pero la ventaja que te otorgan es grande, mucho mas cuando estas con un grupo de desarrollo y debes tomar desiciones y ponerte de acuerdo. Es impresindible hablar el mismo idioma.
y si tienen dudas sobre cual es mejor, que en tal foro dicen tal cosa, que en el otro dicen lo contrario, pues mejor elijan el que mas les tinque y aprendan a ocuparlo correctamente, es mejor saber alguno que quedarse paralizado por la duda, yo por facilidad de aprendizaje prefiero jQuery
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Ademas los frameworks estan echos en js, sus plugins estan echos en js, y estan bien documentados por lo que modificarlos en caso de que algo no te acomode, no es ningun problema. Yo he modificado para mis proyectos algunos plugins de jQuery y no veo ninguna barrera que te obligue a acomodarte al framework en ves de que este se acomode a ti. es simplemente meterse en un archivo .js
y finalmente, si no fuera por los frameworks de js ahora estariamos discutiendo sobre como se pueden hacer llamados ajax, menus, drag&drop y formularios modales en flash y no en JS. Han sido claramente el elemento que ha revitalizado el lenguaje empujando a flash a su mercado de diseñadores graficos.