Puedes probar con esto:
www.mundodivx.com/varios/zonasdvd.php Con el BeLight puedes modificar la duración del audio.
Eso sí, lo de modificar la duración sin que se distorsione es imposible, lo único que si la diferencia de duración es de 4 minutos en 2 horas, no lo vas a notar, pero modificación en los tonos de voz sí que hay. Me imagino que uno de tus vídeos lo tendrás a 23.976 fps y el otro a 25 fps, en ese caso muchísimas series y películas bajadas tienen una conversión de ese tipo, ya que suele ser común tomar la imagen de un vídeo americando (23.976 fps) y añadirle un audio español (25 fps)