documentar proyecto código estructurado

[luz506]

Hola
Quisiera que me orientaran en la forma correcta de documentar un proyecto, código estructurado, estoy viendo la posibilidad de utilizar phpdocumentor, pero no sé todavia si tambien sirve para codigo estructurado, ahora lo averiguaré.

Quizas tengan algunas pautas que quieran compartir, del proyecto solo tengo código y diagrama entidad-relación, trabajo con Smarty.

Tambien quisiera que me indiquen si saben de alguna herramienta que me ayude a hacer un "árbol" de paginas, o algo parecido a un mapa del sitio, que me ayude a mostrar la estructura de todos los scripts php y los templates respectivos.

Y sugerencias para comenzar un proyecto con una correcta documentación tomando en cuenta que no es programación OO

Saludos.