El server 5.0.45 soporta las InnoBB, de hecho yo estoy trabajando con ellas, si lo que deseas usar es una interfaz gráfica, ve de descargar el MySQL Workbench en
http://dev.mysql.com/downloads/workbench/5.0.html
De todos modos, si quieres usar modos de administración avanzada, debes descargar las GUI Tools (MySQL Query Browser y MySQL Administrator) en
http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html Son herramientas algo rústicas, pero bastante eficientes y el Administrator tiene un control muy profundo del Server, además de poder adminsitrar las cuentas, variables, logs, memoria buffers, etc.
REspecto del WorkBench, este gráfico de prestaciones te dará una idea de lo que puede hacer:
Además, hay una herramienta muy util, el MYSQL Studio, que se puede descargar desde
http://premiumsoft-mysql-studio.softonic.com/. Fijate si te es útil.
Ah... y otro que probé y era bastante bueno para optimizaciones:
http://crlab.com/mysqldev/download.html