Hola,
La forma que se me ocurre es..
1. Obtienes una copia de la base de datos de tu cliente y la recuperas en tu equipo.
2. Comparas la base de datos de tu cliente con la tuya, para esto puedes utilizar alguna herramienta de comparacion de base de datos, como ejemplo, te dejo el siguiente link, es una version comercial
http://www.sqlmanager.net/en/products/mssql/dbcomparer
3. Tras la comparacion, la herramienta te genera un script con todas las sentencias DDL que lleva la base de datos de tu cliente al mismo estado o version que la tuya.
4. Pruebas el script las veces que consideres necesario, para descartar cualquier error propio de las herramientas de comparacion.
5. En el servidor de base de datos de tu cliente, haces un
backup de su base de datos actual y despues ejecutas el script de actualizacion.
Algunas de estas herramientas de comparacion tienen la posibilidad de comparar tanto estructuras como datos.
Saludos