Necesitas una tabla derivada de ambas donde se registren las combinaciones.
Es decir:
Tabla1(ID1,Nombre)
Tabla2(ID2, Nombre2)
y agregar:
Tabla3(ID1, ID2).
Esto es un estandar dentro del diseño de bases de datos y forma parte de las Formas Normales.
Cualquier duda, consultá:
http://es.wikipedia.org/wiki/Normali..._base_de_datos