Hola, bienvenido a FdW
estas mezclando conceptos, probablemente ayudado por artículos de gente que no entiende exactamente que es lo que se busca cuando se dice "no diseñar con tablas"...
Un sitio web podría parecerse a una persona... tiene un cuerpo (HTML) y ropa que le da un determinado aspecto visual (CSS).
(si, se que el ej. no es perfecto, pero creo que se entiende bastante bien)
El cuerpo tiene diferentes partes en donde cada una cumple una función determinada (y por eso no puedes usar la mano como si fuera la rodilla). Con el HTML pasa igual, hay varios elementos (divs, tablas, párrafos, listas, títulos, etc..) y cada uno cumple una función determinada.
El objetivo de las tablas en el html es para TABULAR DATOS, no para diseñar ni posicionar elementos como menús, títulos y demás. Esto no quiere decir que no puedas usar CSS con las tablas, sino que solamente debes de usar las tablas para lo que fueron pensadas. eso es algo INDEPENDIENTE del css...
Te dejo un didáctico artículo:
Porqué diseñar con tablas es estúpido (suena algo fuerte el título, pero es una traducción del original en inglés)