Ya consegui solucionarlo solo era cuestion de pensarle un poquito y seguir la sintaxis que marca para mysql y era todo jajaja
Código:
UPDATE EVALUACIONES SET Ciclo = '2' WHERE IdEvaluaciones IN (SELECT EVALUACIONES.IdEvaluaciones FROM MATERIAS WHERE EVALUACIONES.Matricula = '0350008' AND EVALUACIONES.IdMateria = MATERIAS.IdMateria AND EVALUACIONES.BanderaRecursada = 'NO' AND MATERIAS.NumeroSemestre = '1')
asi es como queda