Tienes varios problemas, el primero es este, dentro de tu ciclo for, asignas este string:
Código PHP:
$nombre_BD = $codigo."_".$_FILES["archivos"]["name"][$i]."|";
Eso lo que hace es que en cada ciclo For te sobreescribe lo de la variable, así que lo que tienes que hacer es concatenar para que te guarde el contenido.
Yo te recomiendo que en lugar de hacerlo así, lo almacenes en un arreglo y luego uses implode para crear el string.
Saludos.