Te repito: Una vez que el formulario se submite abandonás la página actual y pasás a la que fugura como atributo action de tu formulario. Es decir pasás a otra página diferente (aunque sea la misma, javascript empieza desde cero), de manera que el onclick que disparaste antes no existe en el nuevo contexto. Eso quiere decir que si activaste una función llamada cuenta_atras() al mismo tiempo que disparaste el submit, esa función se terminó en el mismo momento en que abandonaste la página y no cuenta en la nueva a menos que vuelvas a dispararla. Supongo que si estás en php podrías hacer algo como esto:
Código PHP:
<?php
if(isset($_POST['algunodelosnombresdecampodetusformularios'])){
echo '<script>cuenta_atras();</script>';
}
?>