Hola,
puedes declarar transparencia con CSS, pero tienes dos problemas: primero, existe una manera estándar de manejar transparencia y una manera Internet Explorer; segundo, seguramente no vas a querer un objeto completamente opaco ni completamente transparente. Tal vez quieras hacer un efecto de transición entre ambos. Una librería bien hecha en Javascript, como
MooTools, resuelve ambos problemas.
Sin embargo, como varios hemos recalcado, la idea es que, si los efectos no se pueden mostrar por cualquier razón (un error en el código Javascript, el navegador no lo soporta, limitaciones de memoria que detengan la ejecución del Javascript, entre otras), el sitio se pueda seguir usando. Nosotros siempre hacemos los sitios como si Javascript ni siquiera existiera y luego le agregamos los efectos pertinentes.
Saludos
