Conectas el HDD de 500Gb como Master.
Instalas Windows, yo lo haría en 2 particiones como lo tienes en el de 120Gb, una partición de 70Gb para el Sistema Operativo y lo demás para una partición de archivos (o a tu gusto).
Después de instalar Windows y crear tus particiones, instalas el Disco de 120Gb como Slave y copias tus archivos, el método de mover también es válido, sin embargo yo copiaría mejor los archivos y después de asegurarme que tengo una copia idéntica de los archivos, estoy tranquilo.
Conectas el disco de 40Gb como Slave.
Procedes a instalar Linux en este disco, si son tus primeras pruebas con Linux, usa una distro sencilla como Ubuntu, Mandriva, PCLinuxOS, etc. si eres un Master entonces para que te digo como.
Al terminar de instalar Linux, este te creará entradas para cargar windows o linux al iniciar la pc, si lo haces al revés (linux y luego windows) tendremos problemas para arrancar linux. Saludos.