Así es como dices metacortex, realmente ese tipo de "engines" causan un delay un poco mayor, así que es mejor utilizar plantillas directas cuando se necesita.
Ahora, también a considerar un punto, supongamos este software vBulletin, usa un sistema de templates con tags:
Código:
<if $user="unuser">
<div id="userespecial">$algo</div>
<else>
<div id="todoslosusers"></div>
</endif>
Al principio uno puede pensar otro sistema de templates, pero es muy eficiente lo que hace vBulletin y la razón de usar ese sistema de templates, y es porque pueden controlar a nivel permisos que funciones puedes usar, y que funciones no, y dar permisos especiales.
Ahora a primera vista causa un "overhead" en tu aplicación, pero ya que analizas el codigo, vBulletin lo que hace es compilar el template y lo transforma a código php (con sus tags de <?php if( ) { ?>) lo que lo hace muy eficiente.
Con esto podemos ver que no todos los sistemas de templates a primera vista causan un "overhead" en la aplicación y a veces es necesario utilizar uno.
Saludos.