Si bien hay muchísimas distros de linux, las realmente conocidas y populares no son tantas...
ubuntu (y derivados), redhat (centos...), suse, mandriva...
Luego hay muchas más distribuciones pero tiene una característica que les da su razón de existir, si a vos no te sirve esa característica, simplemente no lo uses...
y de las que vi estaban bastante estandarizadas, al menos en línea de comandos...todos los linux usan el mismo kernel, distintas versiones pero es el mismo kernel...
Lo único que realmente me molesta es el yast de suse, pero el resto para mi está bien...