Amigo, en ambas versiones, hay SUB-VERSIONES, por ejemplo: Para SQL Server 2000, existe la Developer, Personal, Standar, Enterprise. (32 o 64 bits).
Dependera de la version de tu OS y tu hardware, para tomar una decision al respecto.
Para una mayor referencia, consulta la liga:
www.microsoft.com/sql
Revisa los REQUERIMIENTOS de instalacion.