Para mi es mejor guardar la referencia al objeto en una varible.
Código HTML:
<script type="text/javascript">
var customDiv = document.getElementById("custom");
</script> Después soolo necesitaría escribir customDiv. Claro que no es tan corto como un simple $() pero es mas especifico. Quizá las librerías sean una buena opción dependiendo del tipo de programador que eres. Me refiero a la forma en que te gusta programar pero al final de cuentas lo único que hace posible que jQuery, mootools, prototype y todos los FW escritos en javascript funcionen es simple javascript.