ahh!!!!, lo que pasa es que cuando haces click en algun boton y la pagina realiza un refresh o cambia totalmente de pagina (por ejemplo, de "pagina1.html" a "pagina2.html" el flash vuelve a empezar, obviamente los botones vuelven a su estado actual.
Para eso debes comprobar donde te encuentras...
entonces, haces lo siguiente (que no es la solucion mas eficiente pero la mas rapida):
pasas a traves de FlashVars el nombre de la pagina donde te encuentras:
<param name="FlashVars" value="pageName=pagina1.html" />
cuando se incia el flash haces la siguiente comprobacion:
switch(_root.pageName)
{
case "pagina1.html":
boton1.gotoAndStop(2);
break;
case "pagina2.html":
boton2.gotoAndStop(2);
break;
......
}
si no sabes como declarar FlashVars, ehh, preguntalo.
saludos.