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[tunait]

:) Epa, tienes razón te tengo abandonado.

No llevo un mes demasiado bueno que digamos y bue... pa que te voy a contar.

Bueno, si el problema que te da es en el porcentaje... quizás te faltó cambiar algunos valores finales.
No he probado lo que te voy a poner ahora (me da pereza añadir 25 preguntas extra) pero por lógica habría de funcionar:

porcien=100/35*puntuacion
if(puntuacion==35)
{alert("Has acertado el "+porcien+"% de las preguntas.\n" +contestadas+" respuestas contestadas de 35 y "+puntuacion+" acertadas. \nEstoy asombrao por tus infinitos conocimientos")}
if(puntuacion<25)
{alert("Has acertado el "+porcien+"% de las preguntas.\n" +contestadas+" respuestas contestadas de 35 y "+puntuacion+" acertadas. \nbueno, nadie es perfecto")}
if(puntuacion>=15&& puntuacion<10)
{alert("Has acertado el "+porcien+"% de las preguntas.\n" +contestadas+" respuestas contestadas de 35 y "+puntuacion+" acertadas. \nTu puedes mejorar amigo, intentalo de nuevo")}
if(puntuacion>=7&& puntuacion<9)
{alert("Has acertado el "+porcien+"% de las preguntas.\n" +contestadas+" respuestas contestadas de 35 y "+puntuacion+" acertadas. \nNo está nada mal")}
}

Algo así.

Te mando un abrazo grande, Epa :)