Espera, mod_perl no tiene nada que ver con estar embebido el código PERL al HTML, eso es aparte, el mod_perl es un módulo de apache que tiene cargado en memoria el intérprete de perl, con lo cual al llegar la petición de ejecución de un script lo ejecuta mucho más rápido que si tiene que llamar a despertar al intérprete de perl...
El hecho de que esté embebido el PERL con el HTML, es otro tema, y la verdad no me parece muy profesional convinar 2 lenguajes en un mismo archivo...prefiero usar templates o algo por el estilo...
Más info en
http://perl.apache.org/
Saludos