VirtualDubMod y los 3/4 segundos...

[RobiBaggio]

Hay programas que parten las pelis sin tocar nada, por ejemplo el Easy Video Splitter, pero me parece que igual trabaja por keyframes...

Puedes recomprimir tu peli con keyframes cada segundo, eso podría solucionar tu problema, puedes configurar los keyframes cada determinado tiempo en los ajustes del codec, y bueno, no todos los codecs lo permiten, pero sería otra alternativa que incluye la recompresión :P