El problema del virtualdubmod no es por el programa, sino por las limitaciones de estructura de los vídeos. Los cortes de secuencia sólo se pueden hacer por los denominados "keyframes", así que si quieres hacer un corte por un sitio en donde no haya un keyframe, por decirlo suave, te aguantas
Lo normal es que en todo cambio de escena haya un keyframe, porque de eso se suele encargar el codificador, pero en caso de que haya una escena muy larga, lo normal en MPEG-4 es que se inserten keyframes cada 10 segundos de vídeo (cada 250 frames en PAL, y 300 en NTSC de 29.97 fps).
Otros programas te pueden permitir cortar por el frame que quieras, pero a cambio de recodificar el vídeo. Virtualdubmod en principio no lo toca, si lo dejas en direct stream copy, aunque puedes hacerlo igualmente: pones el vídeo en full processing mode, configuras el codec de recompresión, y te dejará cortar por donde quieras.
Bueno, eso en cuanto al vídeo. Al audio por suerte no le suceden este tipo de cosas.
