Hola, la verdad no lo he visto en IE, pero si lo que quieres es centrar has lo siguiente:
Código:
div#container
{
position: absolute;
width: 400px; //acá va el valor que deseas
height: 400px; //acá va el valor que deseas
top: 50%;
left: 50%;
margin-left: -200px; //esto es la mitad del width
margin-top: -200px; //esto es la mitas del height
} con esto puedes centrar lo que desees. Se ve igual en IE/, Firefox y Opera. La verdad no lo he visto en IE6.
Espero te sirva, saludos.