Si te entiendo bien, sería algo como:
Código PHP:
function abrePopPup()
{
try
{
// (x,y) es la posición de la pantalla en donde se va a posicionar
x = (screen.width - 680) / 2;
y = 100;
// En donde dice width=680,height=900 tu le cambias los valores por los deseados
modificar = window.open("mipag.php","modUsr","menubar=0, scrollbars=1, width=680,height=900");
// Aquí se deja la ventana con foco (visible)
modificar.focus();
// Se mueve a la posición que se escogió
modificar.moveTo(x,y);
}
catch(e)
{
alert("Error: "+e);
}
}
Y por último, una especificación de window.open:
http://www.javascript-coder.com/window-popup/javascript-window-open.phtml