Ai no ha recibido respuesta es porque, trabajr con FLV es solo para salida, no para edición, y por lo mismo no hay un editor de FLV's.
En otras palabras, estan perdidos

Deben convertir a un formato normal, unir y regresar a FLV...Lo de la pérdida de calidad, de por sí los FLV son bastante pobres, y hay que saber hacer la conversión
Bienvenid@