Prueba con rutas absolutas:
Código:
rem c:\dondesea\elbat.bat uno c:\dos tres
rem la jerarquia de directorios seria
rem c:\dos\uno\tres
@echo off
rem nos vamos al raiz x:\
cd\
rem nos vamos a la ruta
cd %2\%1
rem podrias probar esto:
rem start %2\%3\ejecutable.exe > %2\%1\fichero.txt
@start %2\%3\ejecutable.exe
salu2