HSQLDB usa los ficheros como
respaldo, pero no son "la base de datos en si". Con eso quiero decir que cuando HSQLDB se pone en marcha, habitualmente carga los datos en memoria y luego las modificaciones las va guardando en ficheros de texto, que periodicamente compacta.
Asi que si borras partes del fichero, los cambios no se detectan hasta que rearranques... y aun asi puede que no afecten si cambios posteriores te los tocan. Por ejemplo, si en el fichero original borras un registro pero el registro se modifica en ejecucion, las modificaciones se guardan como borrado + creacion de nuevo, asi que al rearrancar el registro existira de nuevo
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Un saludo!
PD: Si quieres toquetear los ficheros, la unica forma segura es hacerlo con el servidor parado. Si quieres acceder a los datos en si, usa SQuirreL SQL o alguna herramienta similar para acceder por JDBC y modificar los datos como en cualquier BDD.