Hola Capi666,
Si esto le sale a los usuarios de tu sitio puede y tenes un server dedicado con Linux es imposible que este este infectado.
Por lo que pueden ser alguna de estas razones. - La publicidad que tengas en tu sitio puede estar afiliada a estas webs de malwares y hacen que se muestren en tu sitio.
- Tengas algún sistema gratuito de estadísticas o similar que este afiliado con los sitios de malwares.
- Tu servidor haya sido hackeado eh incrustado un script en este para mostrar estas paginas.
- Tu servidor haya sido hackeado y modificada unas líneas en tu index para mostrar esta publicidad.
Puede haber algunas otras pero al menos por ahí podes empezar a mirar en orden de prioridad. Si necesitas mas ayuda y solo en este caso puntualmente me podes enviar un mp con el nombre de tu sitio web para que la pueda revisar.
Salu2