Bueno te planteo una solucion, utilizando un Servlet ( aunque tb podria usarse JSP, pero es mas elegante usando lo otro.), ...lo vamos a llamar "ServletPeticion.java"
, para llamar al servlet solo tendrias que mandar un link como este dentro del email
http://localhost:5555/ServletPeticion?ID=10... bueno eso se ve simple dentro del correo.
Esta peticion la manejamos dentro del del metodo processRequest(...) del servlet, Aqui parte del posible fragmento de codigo para manejar tu peticion.
Código PHP:
protected void processRequest(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)
throws ServletException, IOException {
// Recoges el parametro
String paramID = request.getParameter("ID");
// de aqui en adelante creo q ya es facil para
// ti lo que sigue es solo java...
// simplemente es llamar a la conexion a la base
// de datos y ejecutar tu consulta.
}