En $doc[5] tienes el documento entero.
Deberías recorrerlo (supongo que será un array de líneas, si es texto, como pone por ejemplo text/plain), y pintar las líneas en las que coincide con el $pat, remarcándolas, por ejemplo, en rojo:
Código:
foreach ( split "\n", $doc[5] ) {
if ( s/$pat/<font color="red">$pat<\/font>/g ) {
print ;
}
}