te recomendaría que usaras la utilidad de MySQLDump para realizar el backup... ya que te genera todo el .sql.
Se llama
mysqldump --opt --password=miclave --user=miuser mibasededatos > archivo.sql
se puede ejecutar desde consola en Windows o en Linux... incluso lo puedes dejar como una tarea programada.
Mira este enlace para más info:
http://www.desarrolloweb.com/articulos/1202.php