Y si lees el fichero, lo cargas en una variable string, le haces un reemplace, algo como esto:
Código:
VariableTexto = VariableTexto.Remplace("Texto Original","Nuevo Texto");
Y luego vuelves a escribir el fichero con el contenido de VariableTexto.
Otra opcion es el achivo de configuracion de la aplicacion
.config para almacenarlas.
Saludos