Puede que el problema esté en que debes cerrar el fichero antes de eliminarlo
Código:
fitx=fopen(izena,"r");
if (fitx==NULL)
{
printf("Ezin da fitxategia ireki ez dalako existitzen ");
}
else
{
fclose(fitx);
system("del c:\\fitxategi.txt");
}
Prueba eso.
Saludos
.