Hola ale, te cuento que cuando sale el cartelito de premature end of script header es porque la primera línea que debe sacar un script es
content-type: text/html \n\n
Si no devuelve ningún content-type envía ese error de header....el intérprete de perl lo llamé siempre a /usr/bin/perl y no usaba ninguna librería, simplemente era un hola mundo...
Sigo bajo la sospecha de que fué el FTP que subió mal los scripts, todavía no pude hacer más pruebas en el server por una cuestión de tiempo, pero este fin de semana le daré duro...Así que luego te digo...
Saludos
PD: Se bastante de cgi y perl, cualquier dudilla cuenta conmigo