prueba así.
Asegurate que haya suficiente contenido en .content para que puedas ver como .footer se mantiene abajo (en realidad .content la empuja).
Cita: /* CSS Document */
.main{
position:absolute;
background-color:red;
width:80%;
padding:5px 5px 5px 5px;
}
.header{
clear:both;
background-color:blue;
width:100%;
float:left;
margin: 2px 2px 2px 2px;
}
.content{
clear:both;
background-color:yellow;
float:left;
margin-top:0px;
border: solid 2px #FFFFCC;
margin: 2px 2px 2px 2px;
width:100%;
}
.footer{
background-color:#009900;
color:#FFFFFF;
text-align:center;
padding: 2px 2px 2px 2px;
margin-left:15px;
width:100%;
float:right;
}