Hasta hace poco me pasaba similar, como dije cambié la torre y esta tiene mas ventiladores, bien, el suelo de mi habitación no es perfectamente plano, eso hace que dependiendo de como ponga la torre, el ventilador frontal hace un sonido por encima de lo normal, bien, e abierto la torre y reubicado todo, sobre todo los cables y los discos duros, además le e puesto una base con ruedas, que hace que la imperfección del suelo se note menos y por ahora lleva mas de 1 hora sin ruidos.
Mira a ver si mi post te inspira algo y solucionas
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Un saludo.