hola, la verdad nunca he usado phpnuke pero segun entiendo lo que tu quieres hacer es modificar el nombre del subdominio yo conosco 2 formas de hacerlo
- Desde el servidor (panel)
- Con el archivo .htacces
si te lo genero el php nuke por medio de fomularios es posible que alla sido con .htacces para ello busca un archivo llamado ".htacces"

en la raiz del tu dominio..
a veces dependiento el ftp que utilizemos estan ocultos necesitas aplicarle un filtro para que sea visible yo uso "-a" buscalo en tu porgrma para ftp.
y para que conoscas un poco de las reglas para los subdominios mira:
http://www.forosdelweb.com/f18/htacc...riable-384886/