Si pusieras un ejemplo de las urls que quieres reescribir te podría decir... pero tiene pinta de entrar en un bucle.
En el primero, te lo reescribe tal y como tú quieres, hola/index.php?sec=loquesea
luego entra en una segunda iteración, y te lo pone así:
hola/index.php?sec=index.php
Luego entra en un bucle infinito, hasta que llega al máximo permitido, y así te queda.
¿Por qué te ocurre esto? Porque el patrón coincide con la nueva url reescrita. Si quieres que funcione bien, eso no puede ocurrir.
Prueba así:
Código:
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^$
Rewriterule ^hola/([^/]+)/?(.*)/?$ hola/index.php?sec=$1 [L]