Si estás 100% seguro que son los USB de la placa, no te queda otra que instalar un PCI USB 2.0, esto tendría que solucionarlo, otra cosa es que la placa base esté dañada, entonces no seria recomendable seguir usándola, por que puede dañarse mas y perder datos.
Doy por echo que tienes el OS actualizado al último SP y los últimos drivers del Hardware instalados.
Un saludo.
