Al final lo he solucionado así:
Código:
<xsl:text disable-output-escaping="yes">
<%@ page contentType="text/html; charset=iso-8859-1" language="java" import="java.sql.*" errorPage="" %>
<%
Statement stmt_consul=null, stmt_inser = null;
ResultSet rs = null;
Connection conn= null;
Object dato;
try {
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver").newInstance();
conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/conexion","root","");
}catch(SQLException ex) {}
</xsl:text>
Todo el código generado por el XSL lo llevo en una variable de texto que posee un servlet, luego escribo todo en un fichero, lo guardo como .jsp y redirecciono al cliente. Funcionando.
Un saludo y gracias.