intenta usar solo el while en vez del do... while
Código PHP:
<?php
while ($row_Nuev_res_Eval_Item = mysql_fetch_assoc($Nuev_res_Eval_Item)){
echo '<tr><td>'.$row_Nuev_res_Eval_Item['Pregunta'].'</td>';
while ($row_Nuev_res_eval_niv_calif = mysql_fetch_assoc($Nuev_res_eval_niv_calif)){
echo '<td><input type="radio" id="Cod_nivel_calificac" name="Cod_nivel_calificac" value="'.$row_Nuev_res_eval_niv_calif['Cod_nivel_calificac'].'" /></td>';
}
}?>
espero que sea lo que buscas, suerte y saludos.