Ojo: la salida del archivo php debe ser javascript. Teniendo en cuenta eso, podrías hacer algo como esto:
archivo.php (a incluir):
Código PHP:
<?php
echo "miValor='loquesea';";
?>
Archivo contenedor:
Código PHP:
<?php
ob_start();
include 'archivo.php';
$salida=ob_get_contents();
ob_end_clean();
?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
<script>
function Traevalor()
{
sc=document.createElement('script');
sc.text="<?php echo $salida ?>";
document.getElementsByTagName('body')[0].appendChild(sc);
}
</script>
</head>
<body>
<script>Traevalor();alert(miValor);</script>
</body>
</html>