"Hacer terminar un hilo de la forma correcta" significa dejarle que acabe el metodo run(), despues de eso el mismo se muere etc. Si antes de dejarle terminar lo desvinculas de recursos que pueda tener reservados, no hace falta nada mas.
System.exit() como bien dices cierra la JVM,
entera, así que excepto en casos muy muy simples, no es una buena opción para cerrar un programa, aunque la pongan en muchos ejemplos por pereza de hacer las cosas bien
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S!