creando proceso hijo con fork()

[MaxExtreme]

Entonces lo que necesitas es algo bien distinto a system(). Podrías usar el esquema tuyo inicial de fork() y exec(). Simplemente, en el while() del padre, mientras esperas, sabrás que el proceso hijo ha terminado, no tienes necesidad de hacer nada al acabar el hijo (como intentabas antes).

O bien, lo que dice _Lucifer_.