Bueno, si los pones en el orden inverso, igual puedes modificar el bios, pero para como veo, mejor mueve los discos y no se te ocurra entrar al bios.
Lo ideal, y para como vienen configurados la mayoría de MoBos, el disco que tiene el SO debe ir en el IDE0 (tu lo llamas IDE1) y en la parte más lejana del cable que es la que se refiere a los discos maestros, los slots de enmedio de los cables IDE se refieren a las unidades esclavas...
Revisa esto, que los discos o unidades de disco estén con los jumpers en master y que los tengas conectados en el extremo del cable, y que los otros tengan los jumpers en la parte de esclavo y vayan al slot de enmedio del cable IDE...
Hay algunos discos duros que así no funcionan
, cosa rara, y arrancan si el jumper lo dejas en Cable Select, que es una de las 4 posibles posiciones de jumper usualmente (Master, Slave CS y Limit)...
Ahora, si de fábrica tenías el DD con el SO en el IDE1 (tu lo llamas IDE2) posiblemente el bios esté configurado para buscar el arranque en ese sitio y andes a prueba y error.