Es bastante complejo de decir, porque desde hace poco en estos temas de redes actua el factor humano, o sea no se trata de un robot el que te penaliza, sino de una persona.
Y Google le da importancia a cualquier red de enlaces, quizás no le da tanta si estas en un blogroll, porque creo que interpreta que tu recomiendas otros blogs con información interesante.
Y si aparece en javascript en un principio no te perjudicara, porque google no acaba de leer bien esos códigos, a no ser que como hacen algunas compañias en mitad del javascript tengas un <a href="www.dominio.com">ENLACE</a>, que eso es un enlace HTML puro y duro.