Para la autenticación ... nomás busca en google:
login php. Me encontré con esto
http://www.empresario.com.mx/2007/ha...n-php-y-mysql/,
pero definitivamente hay muchos más.
Para lo de los directorios, quieres gestionarlos? o solo visualizarlos y descargarlos? La primera opción está bastante más compleja, la segunda es transparente.
Ahora, el detalle está en tus permisos, no estoy seguro de que así como así puedas ver todo tu disco duro, es posible que con un soft-link se pueda, honestamente no lo he probado. Sin embargo, si colocas todo dentro del mismo directorio de publicación de tu sitio web, no habrá problema.
Suerte con eso