Hola de nuevo iarrieta!! Cómo vas??
Pues lo de recibir indeterminados input's de tipo archivo

..., nunca lo he hecho

Pero sí lo he hecho con checkbox!!!

:
Quizás la lógica sea la misma no? pero cambiando los respectivos campos...
Código PHP:
foreach($_POST['aseg'] as $ed)
{
$consulta="delete from medios_contactos where id_medio='$idd' and id_contacto='$ed'";
$res=$db["mq"]($consulta);
//acà deberías colocar lo del move_uploaded
}
De todas formas funcione o no... debes tener en cuenta el peso total de los archivos que vas a permitir subir no?? Debes tener en cuenta el tiempo de upload que tenga el servidor por formulario, el tamaño máximo que te permite subir... Ojo con eso!!
Puedes tener x cantidad de input, pero con las restricciones de arriba, y según eso, ves que tan viable es hacerlo o no...
Saludos