Superjavi:
Tal vez mi caso parecido te ayude.
Lo que yo hago es que cuando mi usuario va a subir
un archivo, practicamente lo obligo a ponerle un nombre de su escogencia
como parte del FORM via POST.
Y con la funcion rename(), cambio el nombre original por el nuevo nombre que ha seleccionado mi usuario
y estariamos hablando de algo personalizado y de ese punto en adelante no es problema guardarlo en una BD y eventualmente extraerlo o bajarlo.
Saludos
Y no se si me explique claramente.
Franco.
P.S. Logicamente puedes ponerle a tus usuarios la advertencia de no utilizar ñ, o cualquier otros caracteres que te esten dando problema.