Pues realmente Innodb no es especialmente lenta con respectos a MyIsam, y si en dado caso fuera así, prefiero invertir unos milisegundos en cuidar la IR(Integridad Referencial) que dejar las tablas sin ningùn tipo de restrucciòn, dejando todo a la programciòn... osea no aprovechar los recursos que nos dan las herramientas.
Además, sin importar cual sea el tipo de sistema(una biblioteca, uno financiero), siempre, absolutamente siempre cuidaría dicha integridad
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Es mi humilde opinión.
Rogertm, pon en una balanza lo que te ofrece innodb respecto a myisam. Innodb hace respetar tu modelo y le da transaccinalidad al sistema y muchas otras cosas que no entraré a nombrar. Myisam te "da" un buscador òptimo con Match Againt. Es equlibrada esta balanza??
Saludos